Qu'est-ce qu'une coproculture ?

Les maladies gastro-intestinales impliquent des symptômes comme la diarrhée, des douleurs abdominales ou du sang dans les selles. Les coprocultures sont des méthodes de détection pour découvrir les agents pathogènes qui les causent.

Rédigé et vérifié par Le biologiste Samuel Antonio Sánchez Amador.

Dernière mise à jour : 10 août, 2022

La coproculture ou culture fécale est une méthode efficace dans l’identification de pathologies du système digestif qui s’associent à des infections. Par ailleurs, il s’agit d’un mécanisme habituel pour mener certaines études scientifiques qui offrent des conclusions sur la présence de bactéries et de parasites dans l’intestin.

Nous sommes souvent infectés de parasites, virus et bactéries qui créent différents cadres de mal-être intestinal. En outre, il existe des pathologies qui s’expriment à travers des saignements dans les selles. C’est le cas de la colite, du cancer gastrique et des ulcères de l’estomac. Pour ces dernières pathologies et pour d’autres cas, une coproculture est un test de détection obligé.

À propos des cultures microbiologiques

Une culture microbiologique est une méthode qui se base sur la multiplication des micro-organismes dans un milieu stérile, en général des bactéries, pour faciliter la détection d’un agent pathogène responsable de maladies. En définitive, il s’agit d’apporter aux micro-organismes l’environnement idéal pour leur développement.

Les ensemencements des échantillons biologiques des patients proviennent d’expectorations, de salive, de bouts de peau ou de selles. Ils sont placés dans des petits récipients dénommés boîtes de Petri, avec une substance solide en eux qui contient de l’agar-agar.

De nombreux agents pathogènes ont des besoins de croissance spécifique. C haque milieu de culture se spécialise donc en fonction du micro-organisme recherché. Certains de ces paramètres sont les suivants :

• Disponibilité de nutriments adéquats pour la croissance bactérienne
• Présence ou absence d’oxygène et d’autres gaz
• Conditions d’humidité adéquates
• Lumière environnementale
• Acidité ou alcalinité
• Température
• Stérilité de l’environnement

Selon les types de micro-organismes que l’on veut trouver, les conditions dans les milieux de culture doivent être différentes. Une fois que l’on a observé leur croissance dans la boîte, on isole des échantillons. On les observe ensuite au microscope pour identifier l’espèce concrète responsable de la maladie.

Comme le notent différentes sources scientifiques, il existe beaucoup de types de colorations pour l’identification de bactéries. Pour la teinture, on place un colorant que les micro-organismes absorbent, prenant ensuite cette couleur. Celle que l’on utilise le plus, à usage médical, est la coloration de type Gram. 

Qu’est-ce qu’une coproculture ?

Une coproculture n’est rien de plus qu’une culture microbiologique basée sur la collecte de selles en tant qu’échantillon du patient malade. On l’utilise surtout pour étudier des cas de diarrhées persistantes ou récurrentes sans motif connu.

Ainsi, la collecte d’échantillons fécaux devient nécessaire dans des cadres entériques infectieux qui ne s’améliorent pas au bout de deux ou trois jours. Certains des micro-organismes pathogènes pouvant être identifiés à travers des coprocultures sont Salmonella, Campilobacter, Helicobacter, Shigella, Yersinia, Clostridium difficile et Staphylococcus aureus.

Obtention de l’échantillon

Voici les étapes à suivre pour récupérer l’échantillon de la coproculture :

1. On rassemble les selles du patient dans un récipient à bec large avec fermeture hermétique. Le volume minimal d’échantillon doit être de deux à quatre grammes de selles pâteuses et de cinq à dix millilitres de selles liquides
2. Les échantillons fécaux qui sont restés exposés à l’environnement pendant deux heures ou plus ne sont pas recevables, tout comme ceux qui ont été contaminés par de l’urine ou des restes de papier hygiénique
3. On prend un tout petit échantillon des selles du patient. On l’ensemence ensuite dans le milieu de culture adéquat pour la prolifération de micro-organismes pathogènes
4. Si, avec le premier échantillon, on ne détecte pas la présence d’agents entéropathogènes, il est alors nécessaire de collecter deux échantillons supplémentaires, d’autres jours
5. Une fois la bactérie pathogène identifiée, on procède à la description de l’antibiotique adéquat

Qu’observe-t-on dans les coprocultures ?

Ces cultures microbiologiques servent à identifier différentes pathologies à travers l’identification de bactéries qui se fait grâce à l’ensemencement de l’échantillon fécal et sa coloration postérieure. On examine aussi de possibles œufs ou restes de parasites.

Selon le Centre pour le Contrôle et la Prévention de Maladies (CDC), des parasites comme le ténia s’identifient grâce aux coprocultures car on observe leurs œufs dans les selles du malade. De la même façon, s’il y a du sang caché que l’on ne voit pas dans les selles, la coproculture peut le détecter.

Limites de la coproculture

Tout n’est pas idéal dans le monde des cultures microbiologiques. On n’atteint pas toujours les résultats souhaités et cela dépend, en grande mesure, de la qualité de l’échantillon obtenu. Comme le signale cet article scientifique, il existe certains risques au moment d’identifier des maladies à travers des coprocultures.

Dans un premier temps, on ne recherche pas tous les agents entéropathogènes de façon routinière. Étant donné que le milieu de culture est spécifique aux micro-organismes que l’on veut trouver, certains moins communs, comme Bacteroides fragilis,  Edwarsiella tarda ou Escherichia alberti peuvent ne pas grandir.

Par ailleurs, il existe des agents pathogènes méconnus et l’on ne connaît donc pas leurs besoins biologiques. En ne leur offrant pas les conditions adéquates, ils peuvent ne pas se multiplier. C’est une chose qui échappe à la situation clinique ponctuelle, où l’on recherche les maladies les plus communes.

D’autres études affirment que les coprocultures sont inappropriées chez des personnes qui sont hospitalisées depuis plus de trois jours. Ceci est dû au fait que la cause de la diarrhée n’est pas attribuable aux agents pathogènes de l’intestin. Dans ces cas, on opte pour la technique de détection à travers le PCR, qui identifie des gènes spécifiques d’un micro-organisme dans l’échantillon fécal.

Coprocultures : que faut-il retenir ?

Ces cultures microbiologiques sont utiles pour identifier des bactéries entériques pathogènes, des parasites et du sang dans les selles. Malgré cela, en raison de leur coût élevé et du temps nécessaire pour les réaliser, on ne les fait que pour des patients qui présentent une situation épidémiologique particulière.

Quoi qu’il en soit, si on vous propose un jour de réaliser une coproculture lors d’une hospitalisation, il n’y a pas de quoi s’inquiéter. Les médecins essaient d’identifier de façon exacte la cause de la maladie gastro-intestinale pour pouvoir administrer le médicament adéquat.